Идеята за създаването на музей на земеделската наука в България датира още от създаването на Садовската земеделска опитна станция по инициатива на Министерството на търговията и земеделието през 1902 г.
Музеят към Института издирва, съхранява, обработва научно и популяризира характерни моменти, документи, експозиции, свързани с българската и институтската история на земеделската наука.
Специално място в експозицията на музейната сбирка е отредено на основателя на Опитната станция в Садово и основоположник на земеделската наука в България – забележителният агроном Константин Малков.
В музея се съхраняват ценни документи за исторически факти, свързани с живота и научното творчество на видни дейци на земеделската наука, периодични издания, сборници от Юбилейни сесии, почетни дипломи от международни издания, награди от участия в конкурси за иновации, АГРА и др. Сред тях изпъква едно от последните признания, присъдено от европейската научна общност – Златна монета за активната роля на института за опазване на биоразнообразието.
В постоянната експозиция се проследява в хронологичен ред развитието на земеделската наука в България и основните достижения в тази посока, постигнати чрез прякото съпричастие на научния колектив на Института, представени в следните направления:
Растителни генетични ресурси
Отделът представя изградени и обогатени колекции от ечемик, овес, ръж, грах, фасул, леща, нахут, бакла, житни и бобови треви, царевица, просо, сорго, зеленчуци, медицински и декоративни видове; съхранението и документацията на генофонда, създадените сортове и технологии за отглеждане.
Селекция при полски култури
Специално място е отделено на двата стандарта на България при пшеницата: сорт Садово 1 и Победа, както и сортовете Бонония и Диамант, характеризиращи се с добра студо и сухоустойчивост. Представени са новите сортове при фъстъци, сусам, ориз и технологии за тяхното отглеждане.
Растителни биотехнологии
Изложени са получените чрез използването на ембрио и антерни култури сортовете пшеница Здравко, КМ-135 и сорт ориз Мариана, както и изградените in vitro колекции.
В експозицията е отделено място и за научните лаборатории към отделите в Института, научното сътрудничество на национално и международно ниво, партньорството с фермери в страната.
Музеят разполага с богат фотоархив, 28 експоната от Националния земеделски музей в София, зала за съвещания и уникален хербарий.